وفي 1 سبتمبر 1968، تم تعيين زمير رئيسا للموساد، وبعد تقاعده من الموساد على إثر الهزيمة وكارثة الموساد فيها بعد عملية الخداع المصرية ، شغل زامير منصب الرئيس التنفيذي لشركة “سوليل بونا”، ثم الرئيس التنفيذي للمصافي النفطية، فيما يشبه مكافآت نهاية الخدمة.

وبين 1991 و2000 كان رئيسا لمعهد النفط والطاقة الإسرائيلي، وكان أيضا عضوا في لجنة شمغار للتحقيق في اغتيال رئيس الوزراء الإسرائيلي الأسبق إسحاق رابين، والتى لم تصل لأى أمر واضح، ولايزال القاتل اليمينى إيجال عامير بالسجن حتى الآن ب